Точность геномного прогнозирования для лактации и репродуктивных черт
Большинство черт, ассоциируемых с лактацией и репродукцией у свиней, либо наследуются в незначительной степени, либо проявляются позже, либо их трудно измерять на повседневной основе. Таким образом, для этих черт, геномный прогноз может стать привлекательной альтернативой традиционным методам, основанным на родословной. Для практической реализации геномного прогнозирования, точность геномного индекса племенной ценности и индекса племенной ценности должны сравниваться с уровнем лактации и репродуктивными чертами.

Генетическое улучшение включает выбор лучших животных, которые станут родителями будущих поколений. Традиционно, селекция животных основывается на индексе племенной ценности (EBV) с использованием фенотипических записей и родословной. Генетическое улучшение легко проследить по тем чертам, которые легко измерить, но гораздо труднее дело обстоит с чертами, трудными для измерения (например, конверсия корма), ограничения по полу (например, сокращение количества хряков в помете) или проявление этих черт в дальнейшей жизни. Для многих из этих черт кандидаты на селекцию не обладают своим собственным фенотипом необходимой черты, поэтому их индекс племенной ценности основывается на фенотипах родственных животных и родословной, что приводит к снижению точности определения индекса племенной ценности. Геномный индекс племенной ценности (GEBV) использует собственный генотипический маркер кандидатов на селекцию вместо фенотипов родственных животных и родословной, тем самым может увеличить генетическое улучшение, если точность геномного индекса либо сравнима с индексом племенной ценности, либо превышает его по точности.

1532 свиноматки (821 из них породы Йоркшир и 711 породы Ландрас) были взвешены и сканированы для проверки толщины подкожного жира и глубины мышцы примерно за 5 дней до опороса и при отъеме. Поросят взвешивали при рождении, во время пересадки, в случае падежа или при отъеме. Ежедневное потребление корма отдельными свиноматками измерялось с помощью автоматической системы записи потребления корма. Все свиноматкам были генотипированны с помощью чипа 60k SNP. Геномный прогноз включает оценку эффектов маркеров на независимой группе подготовки и тестирование предполагаемых эффектов с использованием животных в отдельной группе проверки. Внутри каждой породы в группу проверки было включено подмножество (~15%) молодых животных. Геномные индексы племенной ценности были предварительно определены для проверяемых животных при использовании маркерных эффектов из группы подготовки. Индексы племенной ценности, использующие традиционные методы были оценены при помощи фенотипов группы подготовки и родословных всех животных (подготовка плюс подтверждение). Точность геномного индекса племенной ценности (GEBV) и индекса племенной ценности (EBV) оценивалась как корреляция между GEBV или EBV с фиксированным эффектом исправленных фенотипов проверяемых животных, деленная на квадратный корень из наследуемости.

Погрешности для черт GEBV, связанные с лактацией и репродукцией варьировались от 0.16 до 0.92 для свиноматок породы Йоркшир и 0.26 до 0.61 для свиноматок породы Ландрас. Соответствующие погрешности EBV колебались от 0.03 до 0.65 для Йоркширов и от 0.24 до 0.53 для свиноматок породы Ландрас. Полученные погрешности GEBV и EBV для свиноматок Йоркшир и Ландрас показали, что между породами есть различия. Интересно заметить, что потребление корма во время лактации показало совсем незначительные различия в погрешностях GEBV и EBV для любой из пород. Для большинства черт в обеих породах оценка точности при использовании методов геномного прогноза была выше, чем оценка, основанная на родословной. Тем не менее, следует заметить, что вероятно необходимо собирать данные для каждой породы, а комбинацию данных по породам следует выполнять с осторожностью. Эти результаты показывают перспективы рутинного применения геномных методов для прогнозирования генетического качества животных в молодом возрасте, особенно для признаков с низкой наследуемостью и тех признаков, которые с трудом поддаются измерению.